生化培菌的周期取決于廢水的水溫和水質。水溫高于15℃以上時，培菌的過程較快，水溫低于15℃以下時則污泥馴化時間較長，因此污泥的培養馴化應盡量選擇在5-11月期間（長江流域）進行。就廢水的水質而言，無毒無害、易生物降解的廢水，其生化培菌的時間一般在10-20天，而有毒有害、難生物降解的廢水，則需要一個較長的過程，約需30-60天，甚至更長。